同豆科植物根瘤一样，放线菌根瘤固氮作用所需能量靠内生菌氧化磷酸来提供，必需有O2进入根瘤内，因而固氮酶也需要防氧保护。在放线菌根瘤中氧气的调节主要有三个因素：根瘤细胞的木栓化程度，泡囊的存在与否及其细胞壁的厚度，血红蛋白的含量。
许多放线菌根瘤中有血红蛋白，它作用和豆血红蛋一样，木麻黄和杨梅中含量很高，四数木中含量微小或没有，但其固氮效率并不亚低于其它根瘤。在血红蛋白含量低的放线菌根瘤中一般根瘤细胞没有木栓化，因而O2容易进入根瘤内供内生菌利用。
蓝细菌中有许多固氮种类，不过能够同其它生物形成共生固氮体系的只限于少数类群，主要是鱼腥藻属和念珠藻属。但是能够和蓝细菌共生固氮的生物类群则很广泛，包括真菌、苔藓植物、蕨类植物、裸子植物和被子植物的代表。
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