系统型少见，又可分为无症状肺孢子丝菌病、单灶的系统性孢子丝菌病及多灶的系统性孢子丝菌病3种。系统型中，国外以侵犯骨骼系统者较为多见，包括腕骨、桡骨、尺骨、股骨、跖骨和肋骨，可引起骨膜炎、骨髓炎，关节的滑膜炎，软骨可被破坏，但较少见。侵犯内脏的比侵犯骨骼系统的要少得多。常见于糖尿病、肉样瘤及长期用肾上腺皮质激素治疗的患者，侵犯肺和脑膜的国内已有报道。据国外报道尚可侵犯肝、脾、肾、甲状腺、睾丸、附睾等而引起相应的症状与体征。
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