真菌习惯上可以分为酵母菌、霉菌和蕈（xùn）菌三类，其中酵母菌是真菌中所有单细胞菌种的通称，是和细菌一样的单细胞生物，但比细菌要大得多，形状有卵圆形和圆柱形；作为和细菌一样的单细胞生物，酵母菌没有菌丝，而菌丝是真菌与细菌相比最显性的一种特征结构。霉菌是对菌丝体发达、但不产生大型肉质子实体的丝状真菌的通称，分布于真菌的各个门类之中。蕈菌则是指有大型子实体的真菌，包括蘑菇等食用菌。
生物学分类上，真菌界有多个门类，但只有子囊菌门和担子菌门的真菌是高等真菌，这两个门类中，有我们作为美食的食用菌，也囊括了绝大多数植物的真菌病原体。另外门类的真菌属低等真菌，绝大多数并不是植物病原菌，我们在下面的介绍中不会专门涉及。
人类首先是从真菌的菌丝或子实体的大小、形状等形态特征上认识真菌的，但菌丝和子实体并不是真菌的本尊，真菌本身的尺寸很小，一般为10-20微米粗细，除酵母菌以外的真菌都是多细胞结构，多细胞真菌以菌丝的形式生长，菌丝是只有2-10微米粗细的圆柱体丝状结构，却可不断生长至长达数厘米，所以是肉眼可见的，我们在植物病斑上看到的一些霉层、毛状物和絮状物，就是真菌的菌丝，但真菌的孢子梗、孢子囊和孢子也能形成不同颜色的霉层。
菌丝成长后相互交错，成为真菌的营养器官菌丝体。大型真菌在菌丝体上形成一种产生孢子的结构，就是子实体。拿植物作比喻的话，菌丝体就是植物处在营养生长阶段的叶、茎和根，子实体就是生殖生长阶段的果实；子实体生产孢子，孢子相当于植物的种子；孢子脱离亲本后发育成新个体，实现真菌的下一代繁殖。
