黑茎病是一种毁灭性真菌病害，病株茎杆、叶柄、叶片、花盘等被侵染，早期发病植株枯死倒伏，发病较晚的矮化瘦弱，花盘小，种子产量和含油率剧降，严重时大面积枯萎死亡。该病最早发现于加拿大，现分布于美国、加拿大、阿根廷、俄罗斯、东欧、法国、意大利、澳大利亚、伊朗、伊拉克、巴基斯坦、斯里兰卡等地。我国历史上没有黑茎病发生，年在新疆伊犁发现，是一种新病害，已被增补为我国进境植物检疫性有害生物。
病原菌可侵染地下、地上各器官，全生育期发病，但前期症状不明显，易被忽视，开花期后茎杆发病最为明显，可作为诊断的依据。在茎杆上生成典型的大型病斑，椭圆形，长2-11厘米，多数长5-7厘米，黑色，有光泽，具清晰的边缘，病斑扩展后可环绕茎杆。茎杆病斑多见于茎杆中部，也发生于茎杆也可能全部变黑。茎杆发病处腐烂，内部组织解离，多弯折倒伏。早期发病的全株枯死，发病较晚的茎杆瘦弱，花盘小，结实少。后期病茎杆表面产生黑色小粒点，即病原菌的分生孢子器，肉眼看不清楚，需用手持放大镜观察。
田间检查表明，多数茎杆发病最初源于叶柄发病，在叶柄基部，形成黑色病斑，扩展后从叶柄蔓延到茎杆，同时整个叶柄变黑坏死，叶片枯萎。有时叶片上也形成病斑，病斑大型，黑色，周围变黄，病斑上有不甚明显的环纹，系病斑不断扩展所致。在花盘背面和苞片上也产生褐色至黑色病斑，形状不规则，严重时花盘干枯，籽粒不实。
黑茎病是真菌病害，病原菌无性态是一种半知菌，属于腔孢纲，球壳孢目，茎点霉属。有性态是一种子囊菌，属于子囊菌门，盘菌亚门，座囊菌纲，格孢腔菌目，小球腔菌科，小球腔菌属。
病原菌主要以分生孢子器和菌丝体随病残体越冬，成为下一季的初侵染源。在新疆伊犁还发现，隔年的病残体上能产生有性态子囊座和子囊孢子，但在侵染循环中的作用不明。向日葵的种子（果实）也带菌传病，带菌种子在黑茎病远程传播中可能起重要作用。
春季越冬病原菌产生分生孢子，分生孢子释放后，随气流和雨滴飞溅传播，着落在向日葵植株表面。孢子在植株表面有水膜或高湿的情况下萌发，产生芽管和侵入菌丝，不形成附着胞。侵入菌丝通过植株的自然孔口、裂口、伤口侵入。向日葵的子叶、真叶、叶柄、茎、根、花盘等都可被侵染，全生育期发病，开花后最重。茎杆上的大型病斑最明显，危害也最大。
在美国发病区，向日葵茎象甲是重要传病介体，其体内和体表都带菌。向日葵茎象甲成虫取食叶片传病，带菌幼虫钻蛀茎杆传病。叶片发病后，再蔓延到叶柄和茎杆。国内发病地区是否存在传病昆虫尚待研究。最近有人认为大青叶蝉可以传病，但尚需试验证实。
黑茎病菌的侵入温度为5℃-30℃，最适25℃。大气湿度高，有利于发病，花期和花后多雨高湿往往酿成大流行。品种感病，密度偏高，偏施氮肥，田块低洼，灌水偏重的长期连作田发病重。
1、实行检疫向日葵黑茎病是我国进境植物检疫性有害生物，需依法检疫，防止该菌随种子传入。
2、栽培防治与非寄主作物实行3年以上轮作；收获后清除田间病残体，深翻土壤；使用无病种子，用杀菌剂处理种子；合理密植，平衡施肥，合理排灌，防止大水漫灌和田间积水；及时防治害虫。
3、种植抗病品种向日葵品种或杂交种之间抗病性有明显差异，需开展抗病性鉴定，选择种植抗病、耐病或轻病品种。
4、药剂防治
（1）种子处理用种子量0.3%的50%多菌灵可湿性粉剂或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂拌种，还可用2.5%咯菌腈（适乐时）种衣剂进行种子包衣。
（2）田间喷药发病初期喷施10%苯醚甲环唑水分散粒剂倍液，50%多菌灵可湿性粉剂倍液，70%甲基硫菌灵可湿性粉剂倍液等。可在苗期和现蕾前喷2次药。
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