地球环境中常见的微生物的种类种群复杂繁多，从形态特征上来区分，常见的微生物有细菌、真菌、放线菌、原生动物以及病毒、吞噬体。
土壤中主要体现菌体为：细菌、真菌、放线菌的影响,其中细菌的含量是最为庞大的，其繁殖速度也是最快的，细菌参与了土壤中绝大部分的含氧和厌氧生理生化反应，在这些反应中新军使有机物质快速分解为无机物，供植物生长以及改善土壤环境，因此细菌在土壤生态系统中,具有极其重要的作用。
真菌是土壤中第二大类群体，主要包含酵母菌、霉菌等，是腐殖酸形成过程中重要微生物，真菌通过对死亡生物物质的降解，如将木质素降解产生腐殖酸，在酸性土壤中,或是透气良好的土壤中,真菌产生的有机物的量要比细菌产生的量多。
放线菌是土壤中第三大类微生物，其生长速度较慢，能分泌大量用于降解难以分解化合物的酶，如纤维素酶。另外，放线菌所形成的抗生素可以对细菌和真菌产生也有一定的抑制作用，对土壤内微生物的种类和多度变化有重要意义。
微生物的繁殖速度较快，在土壤中微生物的数量和种类非常的丰富，1kg土壤中可能含亿个细菌、约亿个放线菌、近10亿个真菌、土居原生动物可达5亿个。
生物有机肥施入土壤后，其养分可以被植物所吸收，有益微生物会在土壤中大量繁殖，对土壤中的有害微生物起拮抗和抑制作用，对植物的生长和发育起有益作用。土壤中的细菌、放线菌、真菌是土壤中微生物的非常重要的组成成分，土壤微生物的组成与多度，对土壤中营养成分的转化和吸收以及对土壤微生物生态平衡有很大的影响，土壤微生物群落结构是反应土壤环境质量最为重要的生物学指标。
生物有机肥施入土壤后，土壤中微生物含量以及多样性都有显著提高，且随着生物有机肥的施加量的增加而增长。有实验现实，生物有机肥投量对比其细菌、真菌、放线菌含量都得到大量提升，其中放线细菌提升较多；施加普通化肥与不施加任何化肥的土壤的对比其细菌、真菌、放线菌含量，细菌和防线菌都有所下降，而真菌提成较多。生物有机肥为土壤提供了大量的营养物质，为微生物的生存及生长提供有力条件，土壤中会大量繁殖生长微生物从而影响农作物的生长发育。
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