土壤酸害。连作蔬菜大棚由于长期施用生理酸性肥料，过量施用氮肥，使硝态氮大量积聚，同时有机肥施用又偏少，土壤缓冲性差，因而使土壤酸化，严重时作物会出现死苗，生长点坏死等现象。
土壤盐渍化。
蔬菜大棚全年土温较高，加之较高的湿度，土壤微生物活动旺盛，加速了土壤养分转化和有机物质的分解速度，同时由于常年不合理的过量施肥，又缺少雨水淋溶，使残留在土壤中的各种肥料盐分随浇灌水向耕层积聚，形成次生盐渍。据测定当土壤盐浓度达0.3%—0.5%时，因高于植物细胞溶液浓度，作物吸水困难，易发生凋萎，当土壤当中的碱解氮、有效磷、速效钾，超过盐害临界浓度时，大棚蔬菜易发生盐分毒害，影响根系植株生长。
二氧化氮和氨过剩中毒。
菜农在大棚蔬菜施肥上往往偏重于施氮肥，以为氮肥见效快，易增产，但却忽略了氮肥过多的情况下，铵态氮易转化为亚硝酸二氧化氮气化，当二氧化氮浓度达到2×10-6时，就会毒害蔬菜叶片，叶背产生白斑和黄色小斑点等肥害状，同时植株内游离氨过多，病虫害易发生且加剧。
土壤养分失衡造成生理缺素障害。
在连作情况下，连续大量施用相同或相似的肥料，而特定作物对养分的吸收具有一定的选择性，这样会使某些元素过度缺乏，而某些元素又过多剩余积累，造成土壤养分不均衡。1.化肥多，有机肥少，影响蔬菜的自然品质。2.氮肥过多，钾肥缺乏，会降低氮肥利用率，增加肥害。3.大量元素肥料多，往往会降低中、微量元素肥料的有效性，如氮磷过多就会降低钙、硼、锌等养分的有效性，连作蔬菜地易发生缺钙引起的大白菜干烧心，番茄、甜椒脐腐病等，缺硼引起萝卜、芹菜茎裂病，叶片扭曲变厚变脆等症状。
土壤微生物群体异化，产生一些生物毒性物质。
同种作物根系分泌物相同，导致某些土壤微生物大量繁衍，某些土壤微生物被抑制，这样微生物群体就会异化，从而不利于土壤的熟化和肥料营养的分解分化，造成土壤性能恶化。另外，连作土壤中微生物群体发生变化可使病残体逐年积累，土壤病原真菌数量迅速增加，拮抗性细菌和放线菌受到抑制，会造成枯萎病，青枯病和根结线虫等土传病害的严重发生。
防治蔬菜大棚土壤连作障害的措施：
1.应用秸秆生物反应堆技术。
秸秆在微生物菌种净化剂等作用下，定向转化成植物生长所需的二氧化碳，热量抗病孢子、酶、有机和无机养料，在反应堆种植层内，20厘米耕作层土壤孔隙度提高一倍以上，有益微生物群体增多，水、肥、气、热适中，对大棚蔬菜地土壤连作障害有治本的作用。
2.增施有机肥。
有机肥养分全面，对土壤酸碱度、盐分、耕性、缓冲性有调节作用。一定要完全腐熟的有机肥，未腐熟或腐熟不彻底的，不仅仅不能起到应有的作用，还会危害土壤及作物。特别是对作物根系的危害尤其严重。
3.平衡施肥。
化肥施用不合理，尤其是氮肥施用过多，是连作蔬菜大棚土壤障害的主导因素。因此平衡施肥是大棚蔬菜生产、高产、优质、高效的关键措施。
4.合理轮作倒茬。
利用不同蔬菜作物对养分需求和病虫害抗性的差异，进行合理的轮作和间、混、套作，也可以减轻土壤障害和土传病害的发生。
5.深翻消毒。
深翻可以增加土壤耕作层，破除土壤板结，提高土壤通透性，改善土壤理化性状，消除土壤连作障害。结合深翻整地用棉隆颗粒剂进行化学消毒，也可有效减轻连作障害的发生。
6.调节土壤pH值。
蔬菜连作引起土壤酸化是一种普遍现象，每年对棚内土壤要作一次pH值检测，当pH值5.5时，翻地时每亩可施用石灰50—公斤，与土壤充分混匀，这样不但可提高pH值，还对土壤病菌有杀灭作用。
7.增施有益微生物菌肥。
可及时补充土壤中有益微生物含量，吞噬、分解作物自毒物质，对土壤中残留的盐分，进行分解。土壤中的有害病杂菌进行吞噬、站位等作用下，为作物筑起防线。目前市面上成熟的产品中富贵盈门、地力加、施肥必佳、益根益苗等都起到了意想不到的良好效果。
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