一、微生物的概念及其在生物分类中的地位
1、微生物的概念
微生物（Microorganism,microbe）一词并非生物分类学上的专门名词，而是指大量的、极其多样的、不借助显微镜看不见的微小生物类群的总称。因此，微生物通常包括病毒、细菌、真菌、原生动物和某些藻类，它们的大小和特征见表1-1。
表1-1.微生物形态、大小和细胞类型
微生物
大小近似值
细胞特征
病毒
0.01～0.25μm
非细胞的
细菌
0.1～10μm
原核生物
真菌
2μm～1m
真核生物
原生动物
2～μm
真核生物
藻类
1μm～几米
真核生物
但是有些例外。如许多真菌子实体、蘑菇等常肉眼可见；相同的，某些藻类能生长几米长。一般来说，微生物可以认为是相当简单的生物，大多数的细菌、原生动物、某些藻类和真菌是单细胞的微生物，即使为多细胞的微生物，也没有许多的细胞类型。病毒甚至没有细胞，只有蛋白质外壳包围着的遗传物质，且不能独立生活。
2、微生物在生物分类中的地位
在生物发展的历史上，曾把所有的生物分为动物界和植物界两大类。而微生物，不仅形体微小、结构简单，而且它们中间有些类型像动物，有些类型像植物，还有些类型既有动物的某些特征，又具有植物的某些特征，因而归于动物或植物都不合适。于是，年海克尔（Haeckel）提出区别动物界与植物界的第三界——原生生物界。它包括藻类、原生动物、真菌和细菌。
二、微生物的分类系统
这里仅简述原核微生物和真核微生物的分纲体系。
1、原核生物界（Procaryotae）
（1）光能营养原核生物门
Ⅰ蓝绿光合细菌纲（蓝细菌类）
Ⅱ红色光合细菌纲
Ⅲ绿色光合细菌纲
（2）化能营养原核生物门
Ⅰ细菌纲
Ⅱ立克次氏体纲
Ⅲ柔膜体纲
Ⅳ古细菌纲
2、真核微生物（Eucaryoticmicrobes）
真核策生物主要包括各类真菌，还有粘菌等。
真菌划分各能分类单位的基本原则是以形态特征为主，生理生化、细胞化学和生态等特征为辅。丝状真菌主要根据其孢子产生的方法和孢子本身的特征，以及培养特征来划分各级的分类单位。一些病原真菌的鉴定，寄生和症状也可作为参考依据。真菌可分以下四纲：
Ⅰ藻状菌纲 菌丝体无分隔，含多个核。有性繁殖形成卵孢子或接合孢子。
Ⅱ子囊菌纲 菌丝体有分隔，有性阶段形成子囊孢子。
Ⅲ担子菌纲 菌丝体有分隔，有性阶段形成担孢子。
Ⅳ半知菌纲 包括一切只发现无性世代未发现有性阶段的真菌。
粘菌也可分为四纲，即
Ⅰ网粘菌纲 自细胞两端各自伸出长的粘丝并接连形成粘质的网络——假原质团。
Ⅱ集胞粘菌纲 分泌集胞粘菌素，形成假原质团。
Ⅲ粘菌纲 形成原质团，腐生性自由生活。
Ⅳ根肿病菌纲 形成原质团，专性寄生。亦有将之归于真菌类。
三、微生物的分类依据
1.形态特征
（１）个体形态 镜检细胞形状、大小、排列，革兰氏染色反应，运动性，鞭毛位置、数目，芽孢有无、形状和部位，荚膜，细胞内含物；放线菌和真菌的菌丝结构，孢子丝、孢子囊或孢子穗的形状和结构，孢子的形状、大小、颜色及表面特征等。
（２）培养特征
１）在固体培养基平板上的菌落（colony）和斜面上的菌苔（lawn）性状（形状、光泽、透明度、颜色、质地等）；
２）在半固体培养基中穿刺接种培养的生长情况；
３）在液体培养基中混浊程度，液面有无菌膜、菌环，管底有无絮状沉淀，培养液颜色等。
2.生理生化特征
（１）能量代谢 利用光能还是化学能；
（２）对Ｏ2的要求 专性好氧、微需氧、兼性厌氧及专性厌氧等；
（２）营养和代谢特性 所需碳源、氮源的种类，有无特殊营养需要，存在的酶的种类等。
3.生态习性
生长温度，酸碱度，嗜盐性，致病性，寄生、共生关系等。
4.血清学反应
用已知菌种、型或菌株制成抗血清，然后根据它们与待鉴定微生物是否发生特异性的血清学反应，来确定未知菌种、型或菌株。
5噬菌反应
菌体的寄生有专一性，在有敏感菌的平板上产生噬菌斑，斑的形状和大小可作为鉴定的依据；在液体培养中，噬菌体的侵染液由混浊变为澄清。噬菌体寄生的专业性有差别，寄生范围广的谓多价噬菌体，能侵染同一属的多种细菌；单价噬菌体只侵染同一种的细菌；极端专业化的噬菌体甚至只对同一种菌的某一菌株有侵染力，故可寻找适当专化的噬菌体作为鉴定各种细菌的生物试剂。
6细胞壁成分
革兰氏阳性细菌的细胞壁含肽聚糖多，脂类少。革兰阴性细菌与之相反。链霉菌属（Streptomyces）的细胞壁含丙氨酸、谷氨酸、甘氨酸和２，６-氨基庚二酸，而含有阿拉伯糖是诺卡氏菌属（Nocardia）的特征。霉菌细胞壁则主要含几丁质。
7红外吸收光谱
利用红外吸收谱技术测定微生物细胞的化学成分，了解微生物的化学性质，作为分类依据之一。
8ＧＣ含量
生物遗传的物质基础是核酸，核酸组成上的异同反映生物之间的亲缘关系。就一种生物的ＤＮＡ来说，它的碱基排列顺序是固定的。测定四种碱基中鸟嘌呤（Ｇ）和胞密啶（Ｃ）所占的摩尔百分比，就可了解各种微生物ＤＮＡ分子不同源性程度。亲缘关系接近的微生物，它们的Ｇ＋Ｇ含量相同或近似的两种微生物，不一定紧密相关，因为它们的ＤＮＡ的四个碱基的排列顺序不一定相同。
9ＤＮＡ杂合率
要判断微生物之间的亲缘关系，须比较它们的ＤＮＡ的碱基顺序，最常用的方法是ＤＮＡ杂合法。其基本原理是ＤＮＡ解链的可逆性和碱基配对的专一性。提取ＤＮＡ并使之解链，再使互补的碱基重新配对结合成双链。根据能生成双链的情况，可测知杂合率。杂合率越高，表示两个ＤＮＡ之间碱基顺序的相似越高，它们间的亲缘关系也就越近。
10核糖体核糖酸（rＲNA）相关度
在ＤＮＡ相关度低的菌株之间，rRNA同源性能显示它们的亲缘关系。Rrna-DNA分子杂交试验可没定Rrna的相关度，揭示Rrna的同源性。
11rRNA的碱基顺序
ＲＮＡ的碱基顺序由ＤＮＡ转录来的，故完全具有相对应的关系。提取并分离细菌内标记的１６SrRNA,以核糖核酸消化，可获得各种寡核苷酸，测定这些寡核苷酸上的碱基顺序，可作为细菌分类学的一种标记。
12核糖体蛋白的组成分析
分离被测细菌的３０Ｓ和５０Ｓ核糖体蛋白亚单位，比较其中所含核糖体蛋白的种类及其含量，可将被鉴定的菌株分为若干类群，并绘制系统发生图。
13其它
如脂类分析、核磁共振（NMR）谱、细胞色素类型以及辅酶Ｑ的种类（所含异间二烯侧链的长度）等。
四、微生物的分类单位与命名
生物最基本的分类单位从上到下是：种(species→属（genns）→科（family）→目（order）→纲（class）→门（phyllum）等。
门、纲、目、科、属名的字首字母要大写，除属名外不印成斜体字。属、种名印刷用斜体字下划线。如：
酿酒酵母在分类系统中的归属情况为
门：真菌门Eumycophyta
