那些年，我们错过的女孩儿
菌种鉴定错误
宁永忠
有一次和自贡颜老师提到容易鉴定错误的细菌——我觉得这个话题挺好。当时就想汇总一下，一直不得入手。年春节假期，终于有时间了。^_^这里把MCM11里面明确列出的信息，以及一些同道、笔者个人的经验，汇报给大家。
后文内容限于细菌、真菌，不涉及病毒、寄生虫。错误判断不仅仅是菌种鉴定，也包括耐药性判断、毒力判断等。不过后文仅仅涉及菌种判断，不及其他。
这个话题的意义1、科学而言，菌种鉴定错误，是人员能力、鉴定体系水平的客观体现。科学求真，错误自然需要戒除避免。
2、临床而言，菌种鉴定错误会导致感染诊断错误，由此治疗错误的概率也很大。这个逻辑链条简单、明了。实用性角度，此项最甚。
3、安全角度，菌种鉴定错误，会增加实验室感染的风险。比如布鲁菌，感染剂量很低（不到个菌体）。如果鉴定错误，后续操作依然在开放性实验台进行，对操作者很危险。研究显示（JClinMicrobiol.51:-.），大多数实验室获得性布鲁菌病，是错误操作和错误鉴定所致。
4、学科角度，对错误鉴定的分析和细化会进一步促进分类、鉴定的发展。临床诊断领域有误诊学，似乎临床微生物学领域也可以有分支——错误鉴定学（misidentifiology）。“错误鉴定学”和“misidentifiology”是笔者首创，我和颜老师共享专利！大家一笑，O(∩_∩)O哈哈~
5、文章角度，对比较明确的容易鉴定错误的细菌，进行科研时要小心。作者、审稿专家要有意识进行验证。笔者斗胆弱弱地建议：公开发表论文时，少见或易错菌种分离株的菌种鉴定，应该至少有2个不同的方法来证明。
导致错误鉴定的原因1、分离株个体突变导致鉴定错误。细菌是生物体，变异是生物的本质属性。所以细菌的性状、蛋白、基因出现变化，是正常规律。笔者遇到过触酶阴性的葡萄球菌，当时很诧异！现在却明白了，这是概率。
2、判断的依据单一或太少。微生物的鉴定一般是多种手段组合，切忌单一或很少的反应证实或证伪。比如仅靠奥普托辛来鉴定肺炎链球菌。一般而言，任何试验的敏感性和特异性都不是%，所以单一试验出现错误鉴定有理论上的必然性。
3、鉴定体系（传统生物化学反应、质谱、分子生物学方法）的盲区。
比如笔者熟悉的VITEK2C，能做哪些菌、不能做哪些菌，说明书有明确范围界定。范围之外的菌种，鉴定不准或不出。而我们鉴定时，并不知道菌种，当然也不知道是否在说明书范围内。不出还好办；问题是仪器出了一个错误结果，鉴定概率或分数还不低，我们怎么办？是否有足够警惕性？
再如，质谱（MALDI-TOFMS）无法区分大肠埃希菌和志贺菌属，容易错误鉴定志贺菌属分离株。
以16SrRNA基因序列为最重要的细菌鉴定根据（JClinMicrobiol.43:-.），有时称之为参考方法，有时为金方法。真菌有类似。注意，有例外，此时单靠该基因序列，会判断错误。
4、专业认识的阶段性。从菌种分类发展的角度看，随着菌种分类的改变调整，之前以为鉴定正确的菌株，后续发现可能是错误的。我们可以认真的开玩笑说：后文罗列的错误鉴定，可能还有错误，(*^__^*)嘻嘻……
5、操作者认识的有限性。有些菌株有特殊的鉴定思路。如果操作者不知道，则一开始就会进入误区。
6、实际工作的感觉，革兰染色不确定的菌，容易鉴定错误。如阴道加德纳菌。
7、可以避免的主观性错误——比如菌落的选取（不纯）、悬液的制作（浓度不对）、上机操作（上错卡）等。这本不应该发生，是我们应该避免的。
8、实际工作的感觉，不符合一般生长规律的菌，容易鉴定错误。比如麦康凯、中国蓝不生长的革兰阴性杆菌，如HAECK菌群，上错了鉴定卡，会鉴定错误。另如中国蓝上生长革兰阳性菌，不染色，会上错鉴定卡，出现错误。
解决的方法1、多种方法的比较、取舍、综合，理性地接受单一技术或体系的局限性；有些问题随着系统升级就自然解决了。
2.、鉴定的实践经验——绝知此事要躬行！
3、鉴定角度专业理论知识的积累、深化；熟悉专业名词的变更流变、内涵界定——这需要系列绍介文章。
4、理性地接受分类学发展的过程：由粗到细。要有发展的眼光！
5、可以避免的一般性错误，通过SOP规范、质控、查对、责任心、专业培训等，尽可能避免其发生。
笔者在MCM11中，用misidentify、confuse等词检索。也尝试了“wrongidentify”、“mistakenidentify”、“Incorrectlyidentified”等。肯定有漏检，应该还不少；一些表达没有特定的词汇，无法通过词条检索来落实。大家包涵！
真菌
念珠菌属（Candida）
光滑念珠菌红色菌落变体，会和红酵母属（Rhodotorula）混淆。
葡萄牙念珠菌（C.lusitaniae）不典型分离株会和热带念珠菌混淆。
季也蒙念珠菌（C.guilliermondii）、念珠菌其他种，误作无名念珠菌（C.famata）（JClinMicrobiol.51:-.）。反之，无名念珠菌会误作季也蒙念珠菌(teleomorphMeyerozymaguilliermondii)（JClinMicrobiol.46:-.）。
耳念珠菌（C.auris）会误作希木龙念珠菌（C.haemulonii）（JClinMicrobiol.49:-.）。
非洲念珠菌（C.africana；C.albicansvar.africana）：用Vitek2系统鉴定，常常误作白念（JClinMicrobiol.47:-.）。
商品化的表型鉴定系统：对少见菌种分离株（如平常念珠菌C.inconspicua），或常见菌种的个别分离株（如近平滑念珠菌、季也蒙念珠菌、克柔念珠菌），会出现鉴定错误（EurJClinMicrobiolInfectDis.17:-.JClinMicrobiol.38:-.）。
微阵列技术：用Prove-itSepsismicroarrayassay(Mobidiag,Espoo,Finland)技术，在53株念珠菌中错误鉴定了1株近平滑念珠菌和1株葡萄牙念珠菌（JClinMicrobiol.50:-.）。
温州吴老师提到：用柯玛嘉的念珠菌显示培养基，近平滑与白念、热带还是比较好区分；不过会有把近平滑鉴定为光滑或克柔（淡粉色）的可能。对于显色培养基，光滑在24hr时发紫，容易误判。
曲霉菌属（Aspergillus）
自从发现了新种迟缓曲霉（A.lentulus），对“烟曲霉”的后续筛选性研究发现了误作为烟曲霉的病原假费氏新萨托亚菌（Neosartoryapseudofischeri）和宇田川新萨托亚菌（N.udagawe）（JClinMicrobiol.43:-.JClinMicrobiol.47:-.）
分子研究显示通过morphotyping鉴定的烟曲霉，经常有错误鉴定（EukaryotCell.5:-.）。
梭孢顶端瓶霉（Acrophialophorafusispora）：误作多育赛多孢霉（Scedosporiumprolificans）（JClinMicrobiol.40:.AuthorReply,40:.）。
假阿利什霉属/赛多孢霉属（Pseudallescheria/Scedosporium）：医学真菌学领域最常出现错误鉴定的菌。
Medicopsisromeroi(以前名为罗梅罗刺壳孢，Pyrenochaetaromeroi)：会误作灰色限球壳（Trematosphaeriagrisea）。
假足菌肿马杜拉菌（Madurellapseudomycetomatis）、热带马杜拉霉（Madurellatropicana）和费赫勒马杜拉霉（Madurellafahalii）：基于分子技术，发现之前有误作为足菌肿马杜拉菌（M.mycetomatis）的情况。
念珠状地丝菌（Geotrichumcandidum）和威克汉姆无绿藻（Protothecawickerhamii）不是酵母，但可以和几个酵母属混淆。
马拉色菌属会和光滑念珠菌混淆。温州吴老师提到：二者镜下有细微差别。马拉色菌有明显的大小菌体相连，菌体非常圆。光滑则多单个存在，椭圆形多。
荚膜组织胞浆菌：导致非洲组织胞浆菌病时，组织切片中的菌体比经典荚膜组织胞浆菌要大4倍，偶尔会和芽生菌属混淆。
短梗霉（Aureobasidium）会和Hormonema混淆。
阳性球菌
葡萄球菌属（Staphylococcus)
路邓葡萄球菌，玻片法凝固酶试验阳性，会误作金葡（ClinMicrobiolRev.21:-.）。有文章（BrazJInfectDis.15:-.）：路邓葡萄球菌携带V型SCCmec，误作MRSA。
假中间葡萄球菌凝固酶阳性，因乳胶凝集试验不准而误作凝固酶阴性葡萄球菌。按：年CLISM给出了该菌折点。宣传材料中提到该菌会误作金葡、中间葡萄球菌。
微球菌科（Micrococcaceae）、皮生球菌科（Dermacoccaceae）和葡萄球菌会彼此混淆。菌体形态、革兰染色、触酶结果相同。
链球菌属（Streptococcus）
肺炎链球菌：奥普托辛耐药误作甲链（JClinMicrobiol.46:-.）。
假豕链球菌（S.pseudoporcinus）：因血清反应、CAMP结果错误，而误作无乳链球菌。偏偏该菌多见于女性生殖道。所以有观点认为它可能被低估了。
海豚链球菌（S.iniae）：小鱼儿的病原，“花无缺”不感染。^_^该菌PYR阳性会误作化脓链球菌。
表型试验区分草绿色链球菌群，效果不好。
和16SrRNA基因测序相比，VITEK2鉴定草绿色链球菌结果仅有75%一致（JClinMicrobiol.45:-.），另一个研究更低仅有55%（EurJClinMicrobiolInfectDis.30:-.）。
质谱鉴定化脓链、无乳链ok，但鉴定停乳链球菌效果不好（JClinMicrobiol.51:-.），也会把缓症链球菌（S.mitis）或口腔链球菌（S.oralis）误作肺双，区分草绿色链球菌群也不理想。
按：实际工作也有体会，草绿色链球菌难以鉴定到种。好友提到缓症链、唾液链容易鉴定错误。温州吴老师提到，VITEK2GP卡会将星座链球菌鉴定错。
乏养球菌、颗粒链菌：好友提到容易鉴定错误。
懒惰狡诈球菌（Dolosigranulumpigrum）：有观点提到它与耳炎差异球菌，目前所有生化鉴定系统都分不开，可以测序。按：这一条MCM11没有列出，MCM11提到该菌表型类似孪生球菌（Gemella）。
乳球菌属（Lactococcus），PYR阳性误作肠球菌（JInfect.52:e3-e6.），也可能误作链球菌。乳球菌属、漫游球菌属（Vagococcus）PYR和LAP阳性、6.5%盐琼脂会生长，因此会和肠球菌、链球菌混淆。
魏斯菌属（Weissella）：会误作明串珠菌（leuconostocs）、乳杆菌（lactobacilli）。
气球菌属：浅绿色气球菌（Aerococcusviridans）是α溶血，和草绿色链球菌、肠球菌会混淆。尿气球菌（Aerococcusurinae）和血色气球菌（Aerococcussanguinicola）是尿路病原，常常鉴定错误（ScandJInfectDis.42:-.）。
明串珠菌属（Leuconostoc）和变异链球菌（Streptococcusmutans）平皿菌落，初始革兰染色会呈现杆状，容易误作阳性杆菌。肉汤增菌一般不会。
阳性杆菌、阴性菌、厌氧菌待后续
图文编辑：朱迪
审稿：高晓东/马嘉睿
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