微生物接种即按无菌操作技术要求将目的微生物移接到培养基质中的过程，接种细菌应用接种针（环）来沾取细菌标本，进行接种。一般用右手持笔式较为方便，左手可持培养基进行配合，其接种程序可分为：灭菌接种环→稍冷→沾取细菌样品→进行接种（包括：启盖或塞、接种划线、加盖或塞）→进行接种环灭菌等五个程序。不同培养基，接种方法也不同。
接种常见方法有：平板划线接种法、斜面接种法、倾注培养法、穿刺接种法、液体接种法。
菌落是由某一微生物的少数细胞或孢子在固体培养基表面繁殖后所形成的子细胞群体，单个菌体在固体平面培养基上生长繁殖形成的肉眼可见的群体。因此，菌落形态在一定程度上是个体细胞形态和结构在宏观上的反映。由于每一大类微生物都有其独特的细胞形态，因而其菌落形态特征也各异。因此每一大类微生物都有其一定的菌落特征，可通过这些特征差异区分和识别。
接种方法
斜面接种法
此法主要用于移种纯菌，使其增殖后用于鉴定或保存菌种。通常是从平板培养物上挑取某一单独菌落或者从一支已长好的斜面菌种，移种至斜面培养基上，接种步骤如下：
（一）左手拿两支试管，一支为经灭菌的斜面，另一支为已长好的菌种。右手持接种环或接种针通过火焰灭菌后冷却，并同时以右手小指和无名指轻轻拔取两支试管的棉塞或试管帽（先转动棉塞后拔去），夹持于手指间。
（二）将试管口通过火焰数次，并稍转动，以防止外界的污染。
（三）首先将接种环伸入有菌试管，使接种环接触菌苔取少量菌，取出接种环，立即将管口通过火焰灭菌后将接种环伸入斜面管内，先从斜面底部到顶端拖一条接种线，再自下而上的蜿蜒涂布，或直接自斜面底部向上蜿蜒涂布。此步注意接种环不可碰试管壁和接种时不要划破培养基。
（四）烧试管口，塞好棉塞或盖好试管帽，将接种环插到酒精瓶中。
平板划线接种法（分离培养法）
是将细菌分离培养的常用技术，其目的是将混有多种细菌的培养物，或标本中不同的细菌使其分散生长，形成单个菌落或分离出单一菌株，便于识别鉴定。平板划线接种方法较多，其中以分段划线法与曲线划线法较为常用。
（一）分段划线法：本法多用于含菌量较多的标本。方法是以接种环沾取少许样品先涂布于平板培养基表面一角作为第一段划线（划线时接种环与培养基表面呈45度角），然后将接种环置火焰上灭菌，冷却（可接触平板试之，如不融化琼脂，即已冷却），于第二段处再作划线，且在开始划线时与第一段的划线相交接数次，以后划线不必再相接，待第二段划完时，再如上法灭菌，接种划线，依次划至最后一段，灭菌接种环。这样每一段划线内的细菌数逐渐减少，即以获得单个菌落，划线接种完毕，盖好平皿盖，倒置（平板底部向上）于37℃温箱中培养。
（二）连续划线法：此法多用于接种材料中含菌数量不太多的样品或培养物。方法是先将样品或培养物涂于平板表面的一角，然后用接种环自样品涂擦处开始，向左右两侧划开并逐渐向下移动，连续划成若干条分散的平等线。
液体接种法
此法多用于单糖发酵试验等，接种方法与斜面接种方法基本相同。以左手持培养基与菌种管，右手持接种环和拔持棉塞，将挑取的菌落或菌液接种于液体培养基内。
四大微生物的细胞形态和菌落特征比较
细菌：
细菌菌落常表现为湿润、粘稠、光滑、较透明、易挑取、质地均匀以及菌落正反面或边缘与中央部位颜色一致，边缘一般看不到细胞，与培养基不结合，颜色多样，菌落外观形态小而凸起或大而平坦，菌落透明或稍透明。细菌的细胞相互关系是单个分散或有一定的排列方式的。它的形态特征是小二而均匀，个别有芽孢。细胞生长速度一般很快，细菌一般有臭味。
酵母菌：
大多数酵母菌的菌落特征与细菌相似，但比细菌菌落大而凸起，菌落表面光滑、湿润、粘稠，容易挑起，菌落质地均匀，正反面和边缘、中央部位的颜色都很均一，菌落多为乳白色，少数为红色，个别为黑色，菌落稍透明，不与培养基结合。菌落边缘可见球状，卵圆状或假丝状细胞。气味多带酒香味。
放线菌：
放线菌在固体培养基上形成与细菌不同的菌落特征，放线菌菌丝相互交错缠绕形成质地致密的小菌落，干燥、不透明、难以挑取，当大量孢子覆盖于菌落表面时，就形成表面为粉末状或颗粒状的典型放线菌菌落，由于基内菌丝和孢子常有颜色，使得菌落的正反面呈现出不同的色泽。细胞相互关系是丝状交织，形态特征细而均匀，生长速度慢，常有泥腥味。
霉菌：
由于霉菌的菌丝较粗而长，因而霉菌的菌落较大，有的霉菌的菌丝蔓延，没有局限性，其菌落可扩展到整个培养皿，有的种则有一定的局限性，直径1~2厘米或更小。菌落质地一般比放线菌疏松，外观干燥，不透明，呈现或紧或松的蛛网状、绒毛状或棉絮状；菌落与培养基的连接紧密，不易挑取；菌落正反面的颜色和边缘与中心的颜色常不一致，颜色多样。菌落边缘可见粗丝状细胞。细胞相互关系是丝状交织，形态特征粗而分化，细胞一般生长较快，气味往往有霉味。
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