有些时候它们的区分也不是绝对的，比如我们上述提到的条件致病菌，在正常的生态条件下它是有益菌，只是条件恶化，菌群之间的比例关系发生了变化，它就变成了有害菌，将导致疾病的发生。同一种细菌，如上述弧菌或链球菌，也不是所有的类型都是致病菌，有的菌株有毒力，而其他菌株则没有毒力，无毒的菌株也极可能作为有益菌而存在。
自然生态系统中，有益菌和有害菌会达到平衡，相互制约，但一旦受到人为的或大自然的影响，这种平衡被打破，有害菌变为优势菌。这种情况下我们需要进行人工干预，通过添加有益菌制剂来恢复其平衡。
但有益菌的使用要看准时机，如温度、气候、水质、营养等条件，还要避开药物的使用期，要注意有益菌的选择、使用方法、剂量、剂型等等。在这里，我建议养殖户在使用有益菌的同时应该结合疫苗的使用，以更好地预防和控制有害菌的侵袭。但不提倡使用药物来制菌，尤其是有益菌的使用过程中绝对不能同时应用任何抗生素类药物。
不当使用微生态制剂，是否会致病？
微生态制剂正确的选择与使用，包括各个环节。目前市场上微生态制剂种类繁多、良莠不齐，甚至缺乏政府的管理与监督，这样选择商品化的制剂时一定要慎重再慎重。
我们首先应该选择具有良好信誉、产品质量稳定、具有从业资质的较大型公司所生产的产品。其次我们还要考虑到具体养殖环境微生态自身的特点与构成、以及寄主与环境的关系等，事先要明白微生态的失衡是什么原因造成的，需要引入哪些菌种，它们对寄主与环境有没有较大的影响。微生态制剂中的菌种最好是土著菌株，或是针对具体环境而分离纯化的相应菌株，自己研制的制剂效果肯定要好于商品化的。
客观上讲，微生态制剂的使用应该具有较强的针对性，就像我们就医一样，要做到单独就诊，单独开处方，不能多人共用一个处方，但在水产业上可能难以做到这一点。还有如上所述益生菌的使用还要注意使用条件、剂型剂量、养殖生物的营养与免疫水平，并不能同时使用药物。
益生菌的安全性也不可忽视，人工投放菌株肯定会影响到环境菌群的构成，存在一定风险，特别是非土著菌与进口制剂的使用，将导致与生物入侵相关的问题，因此使用前要进行严格的论证与安全性实验。
益生菌作用机制的研究滞后也在一定程度上影响了它的使用，如对使用的指导作用等。不同的制剂具有不同的作用机理，但对具体的制剂，其作用机制是建立稳定的微生物区系为主，还是以净化水质、或是以促进免疫水平、或是以生物夺氧等为主，需要更进一步的研究，特别是在分子水平上的作用机制了解还很不够。
养殖环境的复杂性，也影响到微生态制剂的使用效果，一般很难达到与实验室条件下同样的效果。产品的剂型、稳定性、活菌的比例、先进的包装技术等都是我们在研制过程中要考虑与改善的问题。
虽然我们对问题中所提及的微生态制剂的品牌等信息无从了解，但如果从微生态制剂的研制、生产、流通与使用各环节实行了严格把关，则可以排除其致病的嫌疑。相反我们也能找到其使用不当的环节，这对微生态制剂的进一步研究与使用将具有重要的意义。
知识只能代表过去，见识才能预见未来，
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