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Chelex10015分钟快速微量提取

Chelex-:15分钟快速提取菌物基因组DNA用于PCR扩增

本教程可在15min左右快速获得菌的基因组DNA,然后直接加样进行目的基因(ITS,28S,18S,β-tubulin,CHS1,ACT等)PCR扩增。

敲黑板啦!今天小编向大家详细的介绍我经常用的一种快速提取菌物基因组DNA然后进行基因序列扩增的方法。

注:这种方法超级节省时间,强烈建议那些需要提取很多样本的同学们尝试这种方法提取,哈哈~你们一定会有很大的感慨,一定会爱上这种提取方法的。

就我所知大多数想要扩增自己手中的菌物基因的同学们都采用DNA提取试剂盒进行基因组DNA的提取。因为他们认为试剂盒提取与CTAB法提取相比,前者提取速度快,能节省很多时间。

但是小编认为如果你只是想扩增一下目的菌株的某些基因片段,Chelex-法是非常简单和快速的方法,只需粘取一些孢子或菌丝,然后水浴两下就可以吸取少量提取液直接进行PCR反应了。

图片来源于网络

接下来小编就给大家详细介绍一下如何采用Chelex-方法提取菌物基因组DNA,进行各种基因序列的PCR扩增。

在介绍这种方法之前,小编觉得很有必要让大家在整体上对这种方法有一个认识,那就是如上文所述,这种方法只需粘取一些孢子或菌丝放到Chelex-溶液中,然后水浴两下就可以吸取少量提取液直接进行PCR反应了

(关于这种提取方法的原理,大家可以在网上搜索一下,这里小编就不再详述了)。注:提取时用的是浓度为5%的Chelex-悬浮液(因为Chelex-是微笑的颗粒状的,在溶剂中是不融化的)。

5%Chelex-微量提取菌物基因组DNA的详细步骤如下:

配制浓度为5%的Chelex-悬浮液:5%代表的是质量和体积比,也就是说称量5gChelex-颗粒加入到ml的ddH2O中,因此我们可以称量0.5gChelex-颗粒加入到装有10mlddH2O的大离心管内,这样就配制的就是5%的Chelex-提取液了(配制完后,可以放4℃冰箱保存备用)。

粘取真菌的孢子或菌丝:这一步操作需要准备粘胶带(超市购买小卷的粘胶带)。然后在室内试验台上的酒精灯旁将胶带用剪刀剪出大小为1到2mm的小块;然后用灼烧灭过菌的镊子夹着小胶带在培养皿内粘取孢子或菌丝;接下来把粘有孢子的胶带放入1.5ml的灭过菌的离心管内。

加5%的Chelex-提取液在装有小胶带的离心管内加入50微升5%的Chelex-提取液(此时可颠倒离心管用手指轻弹管壁,目的是让Chelex-小颗粒粘到小胶带上)。注:加提取液时一定要先把液体用移液枪吸打,目的让Chelex-小颗粒在水中均匀分散。

水浴处理将步骤3中加有提取液的离心管放到水浴锅内进行56℃水浴10min;然后取出震荡离心(也可不用震荡离心,直接将取出后的离心管上下颠倒,并用手指轻弹管壁);之后,将离心管再次放入到56℃水浴锅内水浴10min。

两次水浴完成后,将离心管在振荡器上轻轻震荡,然后在离心机内离心。离心完成后,就可以直接吸取上清液进行PCR扩增基因片段了(一般25μL的反应管,加2μL的上清DNA提取液即可满足PCR扩增)。注:切记用于PCR吸取时不要吸取到底部的Chelex-小颗粒;根据小编的经验,水浴时也可以直接一次性水浴15min然后取出震荡离心用于后续扩增。

PCR的反应体系和反应参数,大家可以结合自己实验室和自己的情况或参考他人文献来具体安排,这里小编就不再详述。

接下来小编为大家展示我通过这种方法对ITS和COⅠ基因的扩增情况(测序峰图可显示序列扩增的好坏),小编采用这种提取方法还扩增了其它种类的基因,扩增效果均非常满意。

ITS测序峰图质量如下图:

图片来源于本文

COⅠ基因测序峰图质量如下图:

图片来源于本文

大家可以看到,这种方法获得的菌的DNA在扩增测序后峰图质量也是相当的好,您可以和采用试剂盒提取的结果进行对比。

总之在我看来,这种方法可以对几乎所有能够培养的真菌(如丝核菌,炭疽菌,青霉菌等)和不能培养的真菌(如霜霉菌,锈菌,白粉菌等)进行DNA的快速提取,来满足我们的实验需求。

如果有大量的样本需要做,又想在很短的时间内对这些样本进行鉴定,那么这种方法是切实可行的。




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